Una meravella

Avui me mare m'ha dit que estic molt enamorada de la meva filla. Per sobre -diu- de la resta de mares que coneix. M'ho ha dit com si això fos una cosa negativa. I pot ser que sigui així, mai sabem què és allò bo i què és allò dolent de les emocions, si és que hi ha bo i dolent.

Just abans, amb ella, parlàvem de que avui en dia els pares estem massa pendents dels nens. M'ha fet pensar que abans el model era diferent. Els avis estaven disponibles el 100% del seu temps per cuidar als nens. No com ara, que la meva mare em dóna un cop de mà, però jo a les 5 hi he de ser sí o sí perquè ha d'anar a treballar. La relació amb els avis no pot ser la mateixa que era abans ni de conya. Com tampoc pot ser-ho la relació amb els pares, doncs avui en dia hem de cuidar-los molt més nosaltres que els avis. O nosaltres, o la llar d'infants o els cangurs.

També he pensat en el que ahir ens va sortir a la conversa amb una amiga, que tant ella com jo notem que tenim un vincle amb les nostres filles més enllà del que poden tenir altres mares. Per haver-les alletat, però especialment per haver-nos passat moltes hores amb elles.

Estic en contra de pensar i fer pensar que criar és desagradable. Està clar, que hi ha moments que regalaria la meva filla! Però no per això he de deixar-la en evidència cada cop que li tiren una floreta. "Que bé que menja, no?", "Sí, sí, però ja te la deixaré un dia a dormir i veuràs que no és tan maca com sembla". Però, què té a veure una cosa amb l'altre? A mi que no m'hi comptin. Si la meva criatura menja bé, doncs agraïda estic i que segueixi així!

Per altra banda, i ara vaig al meu jomés científic, és que no puc deixar d'estar meravellada amb la meva filla. És que si ens hi parem a pensar -oh, estudiants de les ciències de la vida- veure una criatura desenvolupar-se és una de les coses més màgiques d'aquesta vida. I poder viure-ho d'aprop no té preu. Ho dic des de la curiositat científica, de l'interès per conèixer els processos pels quals la vida s'obre camí i ens fa ser el què som.

Repeteixo el que deia al principi. No sé si això és una cosa bona o dolenta. Potser senzillament és una cosa més.

Up all night to get lucky

We're up all night to the sun

we're up all night to get some

we're up all night for good fun

we're up all night to get lucky

I escoltant aquesta genial cançó dels Daft Punk que han tornat aquest 2013, i a la que m'he enganxat sense remei, em venen pensaments d'una nit en que vam quedar a la Catedral, d'un sopar amb moltíssima gent, d'un Panam's fins les tantes, d'alguns que van anar a la platja després, d'un cafè amb llet a l'Estudiantil (algú encara prenia cervesa), d'un autobús cap a la Zona Universitària i d'una classe de Genètica Molecular a primera hora. We're up all night to the sun.

Una nit que va canviar la vida a alguns, i que va deixar algunes actuacions memorables que marcarien la concepció que ens quedaria d'uns altres. Una nit per recordar, tot i que molt probablement alguns no en recordin massa cosa. Una nit a la que crec que li devem força. We're up all night to get lucky.

Lost in...

Per un dia que em vull agafar el pont, perquè em tocava, simplement, ens posen una experimental gran que no he cregut convenient encolomar a la companya i jo quedar-me a casa gratant-me la panxa. Així que ja em veus anant a la feina un divendres atípic, a l'hora habitual, quan encara hi ha poca gent a l'empresa, i avui encara menys. I just quan obria la nevera per agafar els reactius necessaris, em passa pel cap un concepte: 'Lost in transfection'. De seguida he somrigut, diríem que m'he fet gràcia a mi mateix. 'Lost in transfection', que bo. I no he pogut evitar recordar els nostres clàssics 'iogurt de propidi' i 'viagra de mòdena', aquells temps en que qualsevol broma científica ens feia partir de riure. Ai les cançons de l'aloperidol i dels SNARE...

Va, ajudeu-me a recordar-ne d'altres, o de noves, m'és igual. Era per això que vam estudiar Bioquímica, per les bromes, no? En recordeu alguna més?

Bad project

Ei nanos, encara que no us agradi Lady Gaga, però aquest video parodiant-la és molt bo. Esperem que no ens enganxin amb un bad project!

Bioquímic honoris causa

Avui he llegit una entrevista a en Joanmi a l'Avui i m'ha agradat molt. La copio perquè crec que ens donarà molt tema. Aquest tio és un CRAC i es mereix ser bioquímic! Creieu que podríem entabanar a la UB perquè li donessin un títol honoris causa?

Arbre que mira fanal. Fanal que mira façana. Façana que mira rellotge. Rellotge que mira campana. Campana que mira Bibiana. Bibiana que mira Joan Miquel. Joan Miquel que despista mirada. A les cançons del Joanmi les coses es miren. Però en una entrevista, ell desvia contínuament la mirada. Amb prou feines em mira, però en canvi diu que ha xerrat més avui que en els últims dos anys de la seva vida.

UN MÓN HORRIBLE. Curiós, és tímid, però li agrada disfressar-se. De Blancaneu, d'astronauta, de submarinista, de karateka. És algun tipus de teràpia de xoc això? És un mecanisme de defensa, una tàctica per superar la timidesa. M'ha costat, però estic aprenent a viure en societat sense que això m'afecti. Difícil? Sí, perquè a mi em fa por tot. A mi em fa por el món: és un món horrible i vivim en una guerra ininterrompuda. Tothom està molt desesperat. Jo també.

WA YEAH! Les lletres de les teves cançons estan plenes de marcianets, asteroides, maquinetes, piruletes i robots. Fas música per a nens adults? Crec que no. Jo faig música per a tots els públics, música fàcil d'entendre, jo vaig a lo fàcil. I fer música fàcil és molt difícil? Sí. És molt més complicat fer una cosa senzilla que una cosa complexa. Per cert, corre el rumor que Antònia Font se separa, veritat? No, mentida. El sentit de l'humor és la teva gran arma? L'humor és un mecanisme mental obligat: a mi el sentit de l'humor em fa gràcia.

MISTERIS I AMORS. El Joan Miquel fa el que vol, i sempre li surt bé. I escriu llibres però no en llegeix. El misteri de l'amor és el títol de la seva primera novel·la. Has resolt l'enigma? Sí. Els humans ens hem de reproduir, però com que per desgràcia els éssers humans tenim intel·ligència, en lloc de relacionar-nos sexulament de forma pràctica com els lleons i les flors, ens hem hagut d'inventar això de l'amor -que és una complicació extraordinària i pura farsa-. T'has enamorat molt, tu? No. Jo tinc una parella, amb ella he complert la meva etapa reproductiva i ja no tinc cap necessitat d'escampar la meva genètica pel món.

SEXE I SEDUCCIÓ. Has estimat més o t'han estimat més? He estimat poquet. Sóc un individu solitari. Estimar va en detriment de la meva feina: com més sol estic, millor em va tot. Hi ha una cosa que em fa molt feliç: i és que la feina em vagi bé. I perquè em surti bé, necessito estar molt temps sol. I com es compgina això amb la família? Tenint una família que ho entengui. Amb què et quedes, amb el sexe o la seducció? El sexe és una activitat biològica, la seducció una activitat social, per tant em quedo amb el sexe. La seducció no té cap interès.

ESTRELLES I ROCK. El Joan Miquel és més antiheroi que sex symbol i pateix més que disfruta damunt l'escenari. Ets l'antítesi de l'estrella de rock? No hi ha res mes patètic que una estrella de rock, aquest xou de jupa de cuir i pose damunt l'escencari és deplorable. Posats a estripar, caga't amb alguna altra cosa: el futbol és una merda absoluta, representa tot el contrari del que per a mi significa la civilització. El trobo primitiu, una cosa horrorosa.

MÉS O MENYS: Què ets més, inconformista o irònic? Sóc molt inconformista i massa irònic. La ironia és impertinent, no m'agrada. Ho estic intentant deixar. Desconcertant o dispers? La meva dispersió a vegades es concentra: no pienses que estoy triste si no me ves sonreir, es simplemente despiste. Caradura o narcisita? Sóc totalment bipolar: hi ha dies que em penso que sóc el millor artista del món i dies que em veig com un absolut desastre. L'autocrítica és una cosa que s'ha de cultivar. I una mala crítica, et pot ensorrar? Fa que sí amb el cap, per un moment em mira i automàticament torna a posar la mirada a l'infint.

Felicitats Dr. Frodo!

This extra weight is killing me... I can't manage it, Sam. It is such a weight to carry, such a weight...

Segurament no va utilitzar aquestes paraules, però una setmana abans de la obligada escena del patíbul, l'aleshores aspirant a doctor em va transmetre en una postdata com de pesada se li estava fent aquesta recta final. Però tot acaba arribant, i tal i com estava escrit, la tarda del divendres va arribar a l'Aula de Graus, al mateix temps que el matí del divendres ho feia a Rochester (Minesota), on els membres del seu equip entraven impacients a una aula de vídeoconferència per ser també testimonis del gran moment. Càmara giratòria, gran ample de banda i acció! Però allí, en aquell equip de videoconferències, es va quedar tota la sofisticació de l'acte, que va continuar amb una presentació neta, clara i desprovista de sofisticacions i efectes Power Point que desviessin l'atenció del que era realment important: Els resultats de part de la recerca feta al llarg dels últims anys. Un fil argumental i una exposició tan neta i clara com la presentació, que fins i tot van fer canviar de parer a la Txari, que tot haver expressat la seva necessitat de marxar més d'hora, va voler quedar-se a sentir el final de la història.

Ben entomats els cops del tribunal (especialment els d'aquell membre que va suggerir, fins i tot, una esmena a la totalitat del treball), els tres membres van deliberar i el president va llegir l'acta, posant fi a aquella història gestada probablement uns metres més enllà, a l'aula 9 d'aquell mateix edifici:

...O my precious!' And with that, even as his eyes were lifted up to gloat on his prize, he stepped too far, toppled, wavered for a moment on the brink, and then with a shriek he fell. Out of the dephts came his las wail Precious, and he was gone.

There was a roar and a great confusion of noise. Fires leaped up and licked the roof. The throbbing grew to a great tumult, and the Mountain shook.

Els detalls de la vida

Ja fa una estona que has escalfat, però el cor continua accelerat per la contagiosa emoció que s'atrinxera continguda darrere la línia de sortida com un pantà a punt de desbordar. Escoltes les darreres instruccions del tio del megàfon i participes de l'aplaudiment global, resposta a la gratitud de l'organització. Sona el tret de sortida i alguna cosa dins teu et fa prendre consciència de que acaba de començar el gran moment pel qual et vas endur les sabates d'anar a córrer a Edinburgh i pel qual avui has sortit de casa a una hora en que els carrers encara estaven il·luminats pels fanals. Primer objectiu: calma. Gaudeix del paisatge, xerra amb el teu company, mira com està el temps, el que sigui, però has d'aconseguir que no hi hagi cap múscul del teu cos més tens del que li tocaria. I el relax arriba. Ets sens bé, el recorregut és maco i pots fins i tot xerrar mentre corres sense que el teu cos es queixi per la falta d'aire. A partir d'ara, recorda que la clau és aquesta: l'aire.

I mentre d'altres escolten música o intenten abstreure's amb el paisatge, tu deixes que la teva ment vagi recorrent el cos de bracet de l'oxigen en el seu viatge fins arribar al múscul, i visualitzes aquella molècula d'oxigen acceptant electrons i movent la sofisticada maquinària de la fosforil·lació oxidativa. T'has preparat com calia i ara no tens cap dubte de que els teus mitocondris poden abastir al sarcòmer de tantes molècules d'ATP com calguin. I després de perdre't una estona en la contemplació de la cilindrada d'actina i miosina, tornes a baixar la vista i et quedes contemplatiu davant d'aquella molècula d'oxigen que espera dins la mioglobina a que arribi el seu moment. No hi ha lloc al dubte, ni a la por; la màquina està a punt i funciona. Ara tot depèn de que sempre hi hagi una molècula d'oxigen fent cua per entrar, de que la maquinària no et traeixi i acabi acumulant àcid làctic perquè ja no sap on posar els electrons que li sobren. A partir d'aquí, a gaudir del paisatge i de l'ambient, que la bioquímica farà la resta... O no? Joder, tants anys llegint-ho a un web, i encara no has après que més enllà de la bioquímica hi ha alguns "detalls" que no s'han de menysprear, i és que a tota aquesta equació tan perfecta del metabolisme s'hi ha d'afegir la variable més variable de totes: El factor humà. És sense adonar-te'n que la confiança, l'eufòria i el benestar, expressats segurament en forma d'un excés d'adrenalina, et fan creure que per molt que el terreny ja no sigui tan pla, pots continuar enfilant-te al mateix ritme que abans. Però el cor s'accelera, indicant-te en silenci que ja ha d'anar massa ràpid per bombejar l'oxigen al ritme que el múscul exigeix, i és en aquest moment que el cap ha de fer l'esforç de saber llegir el llenguatge de les pulsacions: "Ara estàs molt bé, però si continues a aquest ritme, no arribaràs ni al quilòmetre quinze". I abaixes el ritme, amb un acte d'honestedat que serà premiat tres quarts d'hora més tard, quan passis el cartell dels 21 Km sense símptomes d'excessiu esgotament i vegis la línia d'arribada a poc més de dos-cents metres. Ara sí: t'oblides d'adrenalines, d'aire i de molècules d'ATP i avances eufòric compartint verbalment amb el teu company de cursa l'emoció d'estar a punt d'acabar la teva primera mitja marató!

La mà que domina el món

Res, només volia compartir amb vosaltres un petit fragment que he llegit avui. Crec que us pot agradar, especialment a un de vosaltres que ho porta a la pell (més concretament a l'espatlla esquerra...).

"Com que els humans som suficientment grans i llestos per fabricar i utilitzar antibiòtics i desinfectants, és fàcil que ens creguem que hem arraconat ja els bacteris als marges de l'existència. No t'ho creguis. Potser els bacteris no siguin capaços de construir ciutats, ni tinguin una vida social interessant, però estaran aquí quan el Sol esclati. Aquest és el seu planeta, i nosaltres hi estem només perquè ells ens hi permeten estar."

BILL BRYSON, Una breve historia de casi todo

Riure per no plorar

Per tots aquells que heu fet, esteu fent, o fareu el doctorat, m'agradaria ensenyar-vos una cosa curiosa, que potser alguns coneixeu ja. Bé, no cal ser doctor perquè us agradi, però és que justament va d'això. Coneixeu els PhD comics? Són una creació de Jorge Cham, una sèrie de tires còmiques que parlen de la temàtica del doctorat i el post-doctorat, i d'altres coses que se'ns passen pel cap a joves d'aquestes edats. La veritat és que llegint-les em sento tan identificat que m'espanto i tot. Sembla ser que hi ha tòpics que es compleixen arreu del món, no només aquí. Ara us en posaré unes quantes, i ja veureu com són molt divertides, però ben mirat, crec que ric per no plorar. Que les gaudiu, i si en voleu més, teniu l'enllaç aquí dalt.

FoldIT!, el joc de l'Orozco

Dels creadors de Rosetta@home arriba Foldit.

Rosetta@home és part del projecte Boinc, que s'aprofita del temps que un ordinador esta inactiu (90-95%) per fer coses productives com ara estudiar el canvi climatic, trobar vida extraterrestre, curar malalties, plegar proteines, estudiar moviment brownia... Aqui teniu link per la llista dels projectes actius.

Pel que respecta a plegar proteines, com be sabeu, es un proces molt intensiu en quant a calcul. Jo tinc la majoria dels ordinadors de la feina pre-programats perque facin aquesta feina a la nit. Pero, es clar, es bastant poc interactiu, l'ordinador plega, tu mires.

Ara, acaba de sortir FoldIT (plega'l). Parteix de la base que la ment humana pot discriminar millor que els millors ordinadors.



Jo fa un parell de dies que hi jugo i és molt entretingut. No cal haber estudiat bioquimica, pero ajuda, no?

Si heu de predre el temps, com a minim, canalitzeu les vostres energies d'una forma productive, home!!

Què sap fer un biòleg molecular?

Si nois, arriba un moment a la vida en que un biòleg molecular es pregunta: què sé fer? L'altre dia parlava amb en GG que aquest pot ser un any crucial en les nostres vides. Es preparen molts canvis, i hauríem de fer que no ens agafessin desprevinguts. Els primers, jo ja els tinc a sobre. He de trobar feina perquè se m'acaba la beca, i no em puc quedar amb una mà davant i l'altra darrere, un biòleg molecular, encara que sembli que no, també té les seves despeses.

He començat a moure el tema de fer-me un currículum decent, i què voleu que us digui, no em sembla fàcil. Què he fet, i sobretot, què sé fer? Com ho expliques? Com demostres que ho saps? Potser és perquè mai he hagut d'enfrontar-me a la recerca de cap feina d'aquesta manera, però no estic tranquil, i em sembla que el que diu la meva fulla de servei no dóna per gaire. Com m'han d'agafar? No ho sé. Per no parlar d'una futurible entrevista de feina, aquí si que no sabré ni com posar-me...

Bé, a alguns dels que escriviu per aquí ja us tinc mobilitzats per anar-me passant ofertes que us arribin. No sé ben bé el que busco, ni si busco ja una feina en la que m'hi hagi de quedar un temps. Potser m'aniria bé alguna cosa per sortir del pas, mentre assoleixo el grau de doctor, i després començar-me a moure amb aquesta credencial. Això si, després d'això, les preguntes canvien. Ja no preguntaré què sap fer un biòleg molecular. Preguntaré: Què sap fer un doctor en biologia molecular?

Novetats VIH

Fa un temps vaig assistir amb en GG a un simposi sobre VIH que organitzen la gent d'allà on ell treballa, i on jo faig incursions sovint. Era una trobada amistosa on alguns cracks de nivell mundial venien a exposar les seves darreres troballes, i també a ensenyar cap a on s'encaminaven les seves investigacions. Per mi, que normalment no estic al cas de les novetats al respecte del virus, va ser molt enriquidor i instructiu. Vaig dir que faria algun post sobre alguna de les xerrades, però després ho vaig deixar estar. Avui m'he llevat amb ganes de fer-ho, i aquí estic.

Més que explicar alguna de les xerrades, prefereixo explicar una mica les coses que es van dir, perquè així quedi una idea més general del que s'està fent, i no cal entrar en detalls. Es va fer una aproximació farmacològica. Si bé tradicionalment els fàrmacs miraven d'inhibir la retrotranscriptasa del virus com a punt important del seu cicle vital, en l'actualitat es treballa amb inhibidors de la protesa i inhibidors de l'entrada. El problema dels fàrmacs, però, és que el virus té una taxa de mutació molt alta, i amb un nombre de generacions desacostumadament baix, apareixen mutants resistents al fàrmac que sigui. Per això des de fa força anys es tracta els pacients amb cocktails de fàrmacs, que permeten atacar un espectre més gran de variants víriques. Un nou fàrmac que està en fase clínica i es pretén introduir als cocktails és el raltegravir, un inhibidor de la integrasa. El maraviroc és un inhibidor de l'entrada, un antagonista de CCR5, el receptor del virus. D'aquests ja se n'ha testat la seva utilitat, però també s'han detectat mutants resistents. Les noves drogues que es proven són darunavir, amprenavir i tipranavir.

Em van impactar força uns estudis que es fan basats en la genètica de l'hoste, és a dir, la nostra. Es busquen nous gens del nostre organisme que tinguin relació amb el virus. Per exemple, i sense entrar en detalls, s'ha detectat que en persones molt resistents hi ha gens que s'expressen més. Si es fa un bon genotipat, és probable que apareguin gens que donin pistes de com minimitzar l'acció del virus. Per altra banda, també s'estudien altres organismes, com alguns primats, ja que s'intenta veure com han coevolucionat els virus i les espècies. Fa mil·lenis que estem en contacte amb retrovirus, de fet, el nostre genoma n'és ple, ja que aquests es poden integrar i quedar-se allà i ser transmesos a la descendència. La informació que se n'obtingui també pot ser de gran interès.

També s'està treballant amb vacunes terapèutiques, i per això es fan servir vectors canarypox, un virus de canari que pot infectar cèl·lules humanes però no replicar-se, i per tant, actua com un virus atenuat. Sobre això no vaig prendre tantes notes, em vaig distreure, o potser no s'entenia tant l'anglès del ponent.

Finalment, es va parlar de l'erradicació total del virus. Un plat fort, és clar. El ponent defensava aquesta idea ja que segons ell hi ha reservoris de virus que els fàrmacs no ataquen, com per exemple, el que es troba en macròfags, o els episomes que forma el virus i que es queden dins de les cèl·lules sense integrar-se al genoma d'aquestes. Les teràpies farmacològiques funcionen, disminueixen molt la càrrega viral, però si es deixen de seguir, la càrrega rebota. Es tractaria d'atacar també aquests reservoris que són els causants d'aquest rebot. A més, ja se sap que aquest virus afecta la immunitat de l'organisme per diferents vies, i es tracta també de reactivar-la perquè faci la funció que se li pressuposa.

Bé, això és una mica tot amb el que em vaig quedar. Espero que no s'us hagi fet gaire pesat, a mi em va semblar molt interessant. La sida no és cap broma. Està bé saber que s'està treballant intensament per guanyar la partida a la malaltia, i que dia rere dia en sabem més. Jo també aporto el meu humil granet de sorra a aquesta investigació, però no a aquests nivells, és clar.

PCR Song

Hola fosfatidilinositols i altri gent!!

Avui una colega d'aquí el lab ens ha enviat un link bastant impressionant de com el fenol-cloroform, el bromur d'etidi, o el que sigui que corri en un laboratori, pot provocar fenòmens tan paranormals i freaks com els que veureu en el següent video (del qual després adjunto la lletra, no té pèrdua!!):

The PCR Song

There was a time when to amplify DNA,
You had to grow tons and tons of tiny cells.
Then along came a guy named Dr. Kary Mullis,
Said you can amplify in vitro just as well.
Just mix your template with a buffer and some primers,
Nucleotides and polymerases, too.
Denaturing, annealing, and extending.
Well it’s amazing what heating and cooling and heating will do.
PCR, when you need to detect mutations.
PCR, when you need to recombine.
PCR, when you need to find out who the daddy is.
PCR, when you need to solve a crime.
(repeat chorus)

HeLa

Encens la campana i l'esterilitzes amb etanol. A dins hi poses pasteurs de vidre, el pipetus, PBS, medi DMEM suplementat amb glutamina, antibiòtic i sèrum boví, tripsina, flascons. Vas a buscar el teu flascó a l'incubador, i també el poses dintre. Aspires el medi amb una pasteur i amb l'ajuda de la bomba de buit. Afegeixes de 10 a 12 mil·lilitres de PBS. Remous una mica el flascó per extendre bé el PBS. Aspires. Introdueixes 1 ml de tripsina (amb un n'hi ha prou). Vas movent el flascó fins que t'assegures que la tripsina ha cobert tota la monocapa de cèl·lules. Aspires la tripsina. Dones uns copets al flascó per fer que les cèl·lules comencin a desenganxar-se. Apartes el flascó i rotules un nou flascó, o els que calguin, amb la data, el teu nom, el nom de les cèl·lules i el passatge. HeLa p25 XeXu 240907. Reculls el flascó antic i probablement les cèl·lules ja s'estiguin desenganxant. Amb el pipetus i una pipeta de 5 agafes 5 ml de medi i el poses al flascó. Amb la mateixa pipeta agafes 5 ml més i també els poses al flascó. Resuspens bé les cèl·lules (per això la pipeta de 5 va millor), tirant medi per les parets del flascó per acabar de desenganxar les cèl·lules que quedin. Reculls el medi i el fas passar una mica a pressió contra la paret inferior del flascó, perquè els grumolls de cèl·lules es desfacin. Reculls (sense canviar de pipeta) el volum de cèl·lules que vols en funció dels flascons que penses fer i de la dilució que desitges, i ho reparteixes en els flascons. Canvies la pipeta i poses fins a 12 o 13 ml de medi fresc a cada flascó. Els portes a l'incubador. Neteges tot el que queda a la campana, tapant bé les ampolles de medi i el PBS. Guardes cada cosa al seu lloc, esterilitzes la campana amb etanol, i encens els ultraviolats.

La màquina del temps

En aquests temps que corren, és difícil parar un moment quiet, simplement pel plaer de no fer res, de reflexionar, de meditar, o de la tècnica que cadascú vulgui anomenar. Si ara podeu, tanqueu els ulls i intenteu imaginar que sou al bell mig d'un camp de gespa verda, envoltat d'arbres imponents, de sorollets d'aus, amb papallones i tot un seguit de bèsties voladores. Si sou més de la mar, imagineu-vos en aquella cala tan solitària i plàcida, amb aquella brisa marina movent rítmicament les aigües, trepitjant la sorra mig humida, sentint com l'alè marí t'atrapa i penetra als teus pulmons.

Us preguntareu, per què nassos aquest bon home ens fa pensar aquests supòsits? Doncs la resposta està davant vostre i l'acabo d'esmentar en la frase anterior: els nassos. Posant-vos en les situacions exemple que us he proposat, heu imaginat els colors, les formes, heu sentit els sons associats, i fins i tot heu pogut sentir el tacte de la sorra als vostres peus, però què me'n dieu de les olors, heu sentit la flaire del mar o de la verdor de la muntanya? Amb aquest exercici voldria reflexionar sobre un sentit, l'olfacte, que tot i la potència que té, sobretot en el món animal, està mal vist per l'home avui en dia, fa primitiu. Efectivament, és dels sentits evolutivament més arcaics, i ha estat i és una eina essencial per a la supervivència animal. L'home actual no es caracteritza per una gran agudesa sensorial, però des d'aquest post voldria apostar per la presa de consciència dels aspectes més aviat sensorials, en un món mogut en molta part pel racionalisme. Una olor, ja sigui bona o dolenta, et pot transportar en un moment al precís lloc i temps on la vas olorar, donant un record molt fidel.

En el meu cas, tot això ha sorgit pel canvi d'unes cortines de dutxa. Sí, sona extrany, però unes humils cortines de PVC, fetes per a evitar esquitxades indesitjades a la dutxa, m'han fet retrocedir en el temps, fins als dies en què el carrer Cid es va estrenar, ara ja fa bastants mesos. El cas és que l'altre dia va tocar renovar-les (es veu que no són eternes), i l'olor que desprenen, molt característica, m'ha portat records, bons records de quan encara estàvem muntant mobles i històries a casa. Una simple olor de PVC, ha estat com una màquina del temps, desafiant les lleis de la física, però no pas les de la bioquímica.

Ja sabeu, si teniu temps, feu les coses pensant, però pensant amb els cinc sentits!

Emocions "inesperades"

Sense ni tansols haver llegit el post anterior, he agafat el cotxe i m'he dirigit cap a Can Ruti per assistir a un esdeveniment que sol posar fí a una llarga etapa, alhora que escriu el pròleg d'una que promet ser-ho encara més.

Per ser sincer, no he entrat a la sala massa conscient del significat d'aquell acte, però el cert és que poc a poc els records d'una etapa que no oblidaré mai han anat aflorant i deixant pas a agradables sensacions i sentiments. Berta, has estat collonuda. Ningú no pot negar que ho portaves molt ben assajat (aquestes coses no es poden fer d'una altra manera, l'espontaneïtat no hi té lloc en una lectura de tesi...), però li has posat aquella espurna que fa que mai no facis les coses "per que toca". No sé si n'eres conscient, però cada cop que explicaves com un resultat havia donat lloc a nous i apassionants interrogants, obries més els ulls i saccejaves les dues mans com volen dir "us n'adoneu de què implica aquest resultat?!".

Durant la discussió, en la que ens has obsequiat amb alguna que altra firma taradellenca (crec que a cap de nosaltres ens ha passat desapercebut el teu familiar "aveiam", amb que has introduït algunes de les respostes), m'he permès el luxe de desconnectar una mica i gaudir dels records que m'anaven venint al cap. No és que no fos interessant, però per a un bioquímic de la comunicació feromonal el debat sobre l'entrada del VIH als limfòcits es pot fer un tant llunyà, per no dir directament difícil de seguir. Pensava en divertides escenes de la comunitat del fosfat a la biblioteca d'econòmiques, en els començaments, quan encara ni tansols ens coneixiem, però ja compartiem apunts... En fi, tot plegat ha estat molt emotiu. No he arribat a manifestar-ho públicament, però reconec que en algun moment dels aplaudiments he hagut d'empassar saliba.

Bé, només em queda felicitar-te. Felicitar-te per haver donat la talla avui, però també per com l'has donada durant els darrers quatre anys.

Doctora

I ja estem aquí. Sabíem que aquest moment arribaria tard o d'hora, quan comences, saps que en un futur no gaire llunyà hauràs d'acabar. Què durarà, quatre, cinc anys? El que sigui, però no gaire més que això. Ara només queda el mal tràngol final, però en unes hores, tot ha passat, l'adrenalina torna a nivells normals, les endorfines es disparen, i entres en un estat de relaxació que et fa sentir més cansat que mai.

En una mica més d'una horeta la nostra companya Berta farà l'acte de defensa pública de la seva tesi doctoral. Ella no n'és conscient, però si ha arribat fins aquí és perquè ja és doctora. La defensa és... bé, és una pantomima per justificar tots els diners que has pagat per poder acabar la tesi, una representació teatral en forma de monòleg, en definitiva, un final de festa tràgic, però que tindrà desenllaç feliç.

Doctora, que bé que sona. És la primera de nosaltres en acabar, tots els que podem estarem al seu costat en aquest moment tant especial de la vida. M'agradaria que ens ho expliqués ella mateixa, però no crec que tingui el cap per massa històries ara per ara, així que jo mateix deixo aquí escrit per la posteritat que algú de la Comunitat a assolit una altra fita, una fita que a mi em fa molta il·lusió compartir, perquè me l'estimo molt, ella ha guanyat la cursa dels becaris que batallen cada dia per trobar el seu lloc en aquest món. Felicitats Berta, i que les coses encara siguin millor a partir d'ara.

Raltegravir

Porto ja dies volent parlar d'un tema, i si no m'espavilo encara passarà de moda. Es tracta de la notícia que ha sortit als diaris recentment (cosa que significa que ja fa molt temps que s'hi treballa) sobre el nou antiretroviral inhibidor de l'integrasa del VIH-1 (virus de la SIDA) que ja està disponible gràcies als esforços conjunts de l'Hospital Clínic de Barcelona i l'Hospital Universitari Germans Trias i Pujol de Badalona (Can Ruti pels amics), amb els doctors Josep Maria Gatell i Bonaventura Clotet al capdavant. També participa l'Hospital Carlos III de madrid, però d'allà no conec a ningú.

Per mi és un orgull que la ciència del país avanci i es faci sentir arreu del món, ja que no deixen de ser becaris com la majoria de nosaltres els que porten els projectes endavant. La notícia (per exemple) diu que aquest treball ha estat publicat a Lancet, una revista científica puntera en el camp de la medicina, i és per això que té ressò mediàtic. Aquí us deixo l'abstract per si hi voleu fer un cop d'ull, encara que des de casa no es pot accedir a l'article sencer.

El nou fàrmac es diu raltegravir (MK-0518) i es útil per pacients en estadis avançats de la malaltia que no responen a les teràpies estandard, i a més, té menys efectes secundaris. Com deia abans, actua a nivell d'inhibir la integrasa del virus. Parem màquines. Sense entrar en detalls, el virus de la SIDA té un cicle vital, per tal de reproduir-se, que es dóna a l'interior de cèl·lules nostres, les cèl·lules que parasita. Aquest cicle, que us detallo aquí baix perquè us feu una idea, es pot intentar parar a nivell de molts punts per tal que no avanci i el virus no pugui augmentar el seu nombre. Els antivirals clàssics intenten inhibir la transcriptasa reversa. El raltegravir, en canvi, ho fa en un punt del cicle més tardà, i pel que diuen, dóna uns grans resultats.

Bona ciència i feta a casa. Això suposa un descobrient prou important i obre una nova via d'investigació ja que fins ara no hi havia inhibidors de la integrasa. Si aquest funciona bé, no a nivell de curar la malaltia, és clar, però si a millorar la qualitat de vida dels pacients, cosa que per ara, és l'únic que es pot fer, en podran sortir més de semblants, qui sap si de millors. La meva feina té relació amb aquests temes, encara que no havia seguit el desenvolupament d'aquest fàrmac. Però sí conec gent dels dos centres catalans que han participat en l'estudi, potser algun d'ells us en podria explicar moltes més coses que jo, però com que no s'animen, jo no he volgut deixar passar l'oportunitat de llançar floretes a la ciència que es fa per aquí, ni que sigui per una vegada, ja que amb la poca atenció que rebem, s'ha de reconèixer el mèrit d'obtenir uns estudis de tant d'interès com aquests.

Jo no serveixo per això

És cert que parlem poc de bioquímica, però és que per molts de nosaltres constitueix el pa de cada dia, i de vegades quan escrius alguna coseta tens ganes de parlar de tot menys de feina. Avui, però, parlaré precisament d’això, de la nostra feina, que no deixa de ser una altra vessant de bioquímica.

A la carrera tot eren bones intencions, i tots estàvem il·lusionats amb les coses que apreníem. Això ens va unir, i va crear uns vincles i uns sentiments que perduren. No hem de menystenir els temps passats a l’aula 9 que al cap i a la fi, van sentar els ciments d’aquesta Comunitat. Però tot s’acaba un bon dia, i t’has de buscar la vida. Què millor que trobar una feina que allargui i amplïi el teu aprenentatge en bioquímica i biologia molecular. El doctorat és una opció per molts, és una meta, i assolir el grau de doctor, tot un repte. Però la realitat és que el que et trobes quan t’hi poses potser no és com t’ho havies imaginat.

Per començar, els becaris de doctorat som els últims monos. Ningú no entén que treballem com qualsevol altre, se’ns considera estudiants, i això em resulta pràcticament humiliant. Fins fa molt poc no gaudíem ni de seguretat social ni teníem dret a atur, però bé, tampoc cal generalitzar, els que avui en dia tenen aquesta sort només són uns quants. Jo no, per exemple. El que encara és pitjor és que molta gent creu que ens gratem la panxa tot el dia, això quan no et fan la típica broma del becari, tothom sap que els becaris ens dediquem a mamar-li al nostre cap (des del famós incident entre la Monica Lewinsky i en Clinton). Doncs no, estimats amics, els becaris currem, i no poc precisament, i per un sou que fa vergonya fins i tot esmentar. I això que quan hi ha un descobriment important, que pot millorar la qualitat de vida de mil·lions de persones, darrera molt probablement hi ha un becari (o diversos), i no aquell senyor o senyora que seu darrera la taula del seu despatx, i signa en darrera posició els treballs. Això si, aquest és el que ha aconseguit la pasta perquè tu puguis investigar, això no li treu ningú, i al cap i a la fi, com a tot arreu, els diners són el més important.

Com sempre, m’allargo i no arribo al quid de la qüestió. No cauré en el tòpic de dir que la feina de becari d’investigació és la més dura que hi ha, que és insuportable. Això seria mentida i ja hi ha prou gent que s’atribueix aquest mèrit. La feina de becari també té compensacions, no ho podem negar. Però per mi té una cosa que no es compensa amb res, l’estrés mental que provoca, la frustració, la desesperació. Les coses no surten, simplement. I això s’ha de tenir molt clar. Si penses que et menjaràs el món, estàs venut. S’han de tenir les coses molt clares per fer el doctorat, molt. Si no tens molta voluntat, més val que et dediquis a una altra cosa, perquè es passa malament, de vegades, molt malament. He vist gent plorar i he vist gent cridar, i també he vist baralles per simple nerviosisme. És dur veure com tots els teus esforços se’n van per la pica, mai més ben dit. La nostra feina és dura per això, causa depressions i acabes perdent la fe en tu mateix i en el que fas. Només per això, crec que ens haurien de pagar més, no és normal que la feina que tenim la sort de fer, perquè és el que volíem, el que desitjàvem, ens porti tants desenganys i ens afecti tant en la nostra vida personal i en la visió que tenim de nosaltres mateixos. O és que hi ha algun becari que no ha pronunciat mai la frase “jo no serveixo per això”? Això nostre és vocació i molta voluntat, si no, no es pot explicar. Però aquí seguim, en la lluita, fins que el cos aguanti.

El colibrí valent

Reconec que és força llarg, però tenint en compte que els posts de temàtica bioquímica no abunden, m'he sentit legitimat per no retallar-lo.
___________________

No us ha passat mai que esteu al metro i no podeu evitar sentir una conversa aliena?

L'altre dia estava jo assegut en un d'aquests espais reservats per a la gent gran (entre d'altres). El trajecte no era especialment llarg, però a aquella hora del matí estic força cansat i sempre prefereixo fer-lo assegut. El moment de relax no duraria gaire: A la primera estació vaig veure com dos homes grans (en aquestes alçades de la vida sempre és difícil posar una edat, però juraria que no baixaven dels setanta) entraven al vagó continuant el que semblava una conversa-discusió d'aquelles que tenen sovint els nostres avis, quan prenen consciència de que si ells dirigissin el món (o el govern, o el Barça) les coses anirien millor. Un d'ells es va asseure just davant meu i, malgrat la mandra matinal, no vaig poder evitar aixecar-me per cedir-li el lloc al seu company de batalles i batalletes.

Encara no sé ben bé si era degut a una lleugera sordesa, o a les ganes de tenir la raó, però el to de la seva conversa era prou alt com perquè acabés renunciant a la lectura. Vaig tancar el llibre amb resignació i vaig desviar la meva atenció cap a la seva conversa.

―I dius que tenen una taxa metabòlica basal de 40 ml d'oxigen? Va, home, va! No diguis vajanades!

Com molt bé us podeu imaginar, fins i tot a aquella hora del matí les meves orelles bioquímiques es van posar de punta.

―Que sí, coi, que ho he llegit! Es veu que els colibrís tenen un carnitin palimtoil-CoA transferasa que els permet oxidar àcids grassos a la velocitat de la glicolisi.

Reconec que per un moment vaig pensar que m'havia adormit de peu i que estava somiant el que acabava de sentir, però vaig obrir els ulls i la meva mirada d'al·lucinació es va creuar amb el rostre escèptic de l'altre senyor, que no semblava gaire convençut. En qualsevol cas, vaig poder constatar que ―efectivament― eren ells dos els protagonistes del diàleg emputat que acabava de sentir.

Vaig estar temptat de saltar-me la meva parada per escoltar més, però RENFE em feia arribar tard ―com de costum― i la situació era tan surrealista que no em garantia un desenllaç amb cap i peus.

(...)

Vaig arribar al laboratori disposat a aparcar-ho tot per comprovar si havia d'anar al psicòleg per haver sentit allò en boca de dues persones que feien més pinta de discutir sobre el futbol o la política , que no pas sobre... Sí, sí, perquè no dir-ho? Sobre bioquímica!

Havia retingut dues paraules que semblaven no tenir cap mena de connexió, però que vaig posar cegament al google scholar: “Colibrí” (bé, hummingbird) i “carnitin palmitoil-CoA transferasa”. El resultat va ser per flipar, i és per això que l'he volgut compartir amb vosaltres.

Es veu que un bioquímic sonat (o curiós) es va sorprendre que el colibrí fos capaç de mantenir una activitat del múscul esquelètic tan bèstia durant el vol. Per als que no estigueu familiaritzats amb l'etologia del colibrí, us diré que aquest bitxo bat les ales vuitanta vegades per segon. Això, traduït en termes bioquímics significa que una cèl·lula d'una fibra muscular està treballant a un ritme de vuitanta contraccions per segon. I aquesta meravella metabòlica encara és més bèstia si considerem la migració que cada any fa aquest animal des de Mèxic fins al Canadà (i tornar!). És a dir, que aquest animaló té durant el vol una taxa metabòlica relativa a la massa (consum d'oxígen per hora i gram) deu vegades superior a la d'un atleta d'helit durant l'exercici i, malgrat tot, és capaç de volar milers de quilòmetres.

Segurament aquesta proesa passi més o menys desapercebuda a qualsevol mortal en edat adulta, però a un bioquímic o una bioquímica que ha estudiat el metabolisme en condicions extremes (dejú, exercici, etc.) el convida a imaginar tot un nou paradigma metabòlic. I, de fet, és així: Tota la vida pensant que la glucosa era l'únic substrat capaç de fer possible una explosió de contraccions musculars a velocitat de vertígen, i ara resulta que un insignificant ocellet és capaç de passar-s'ho pel forro i utilitzar els àcids grassos com cap de nosaltres és capaç de fer.

Bé, anem a pams. Els colibrís s'alimenten essencialment de la sacarosa que treuen del néctar (tothom té al cap a l'animaló suspès a l'aire com un helicòpter amb el bec clavat a una flor). La primera gran adaptació d'aquest ocell és un transport intestinal de glucosa extremadament àgil. El problema és que la segona adaptació és una enorme superfície de membrana mitocondrial interna, poblada de cadenes de transport d'electrons que, juntament amb l'elevada concentració d'enzims catabòlics, engolleixen tota aquesta glucosa a una velocitat d'escàndol. Tant és així, que un colibrí volant sense nodrir-se al mateix temps, amb els dipòsits de glicogen al màxim i utilitzant només glucosa com a combustible, moriria en pocs minuts. De fet, la única forma en que el colibrí pot volar metabolitzant glucosa és menjar al mateix temps o anar de flor en flor en intervals de poc més d'un minut (d'aquí el típic comportament que veiem per la tele).

Llavors, com collons s'ho fot per migrar milers de quilòmetres?

Com ja us he anticipat, el secret està en els àcids grassos. Just abans de la migració, el colibrí s'atiborra de sacarosa evitant de volar sense alimentar-se al mateix temps (xucla el néctar aturat en una branca i minimitza els temps de vol en busca de flors). D'aquesta manera el seu fetge pot anar transformant grans quantitats de glucosa en àcids grassos, que l'animaló anirà acumulant fins augmentar el seu pes un 10%. La relació massa/energia dels àcids grassos és molt baixa, fins al punt que acumulant la mateixa energia en forma de glicogen, el pobre ocellet no podria ni aixecar al vol.

Però en Pastor no va deixar de repetir-nos que la beta oxidació és lenta, molt energètica, però lenta per fer front a un moviment tant ràpid i potent. Què fa llavors el nostre ocellet amb tots aquets àcids grassos?

El secret està en una isoforma de la carnitin palmitoïl-CoA transferasa (CPT1). Aquest enzim, limitant en la velocitat de la beta oxidació, té una Vmax espectacular i un sistmea de control que li permet funcionar només quan cal. Consumir àcids grassos quan hi ha glucosa disponible és poc rentable. El cost energètic de la conversió de glucosa en àcids grassos fa que aquesta font sigui un 16% menys rentable. Així, quan hi ha un accés abundant a la glucosa, els nivells elevats de malonil-CoA inhibeixen la CPT1, evitant l'ús de la beta oxidació. Als pocs minuts d'haver començat la migració les reserves de glicogen s'esgoten, el malonil-CoA decau i la CPT1 es posa a treballar amb la seva Vmax privilegiada, fent funcionar la beta oxidació. Al mateix temps, i per un mecanisme encara desconegut (Xexu, tens tota la vida per trobar-lo), la Piruvat deshidrogenasa (PDH) s'inhibeix, tallant la connexió entre la glicolisi i el cicle de krebs. És en aquest moment que els músculs de les ales comencen a cremar àcids grassos al ritme de vuitanta aletades per segon.